Kompetensi atau Program Keahlian Nautika Kapal Niaga di SMK Pelayaran Kristen Tuban merupakan program pendidikan yang bertujuan untuk melatih siswa menjadi tenaga profesional yang ahli dalam operasi dan manajemen kapal niaga. Kapal niaga adalah kapal yang digunakan untuk kegiatan perdagangan dan transportasi barang maupun penumpang di perairan laut. Siswa dalam jurusan ini akan diperkenalkan dengan berbagai aspek yang berkaitan dengan operasi, navigasi, manajemen kapal, serta peraturan dan standar keselamatan maritim.
Pada Program Keahlian Nautika Kapal Niaga berfokus pada pada kompetensi bersifat dasar yang harus dimiliki oleh calon pelaut kapal niaga. Peserta didik dikenalkan pada lapangan kerja, jabatan kerja di atas kapal yang dapat dimasuki setelah lulus, dan profil entrepreneur pada bidang kapal niaga. Selain itu peserta didik juga diberikan pemahaman tentang proses bisnis, perkembangan penerapan teknologi dan isu-isu global, keselamatan dan kesehatan kerja serta dasar-dasar kompetensi dalam menghadapi keadaan darurat di kapal niaga.
Program Keahlian Nautika Kapal Niaga bertujuan membekali peserta didik dengan pengetahuan dan keterampilan dasar yang terkait dengan operasionalisasi kapal niaga, baik dasar-dasar kompentensi maupun konsentrasi kompentensi keahlian kapal untuk menumbuh- kembangkan minat peserta didik terhadap kompetensi keahliannya yang mencakup pengetahuan, keterampilan, dan sikap (hard skills dan soft skills) meliputi: